Nach dem erfolgreichen Aufstieg in die südbayerische Landesliga begann die Saison 1946/47 mit vielversprechenden Erwartungen. Doch die Herausforderungen erwiesen sich als größer als erwartet. Der TSV Göggingen konnte sich nicht dauerhaft in der neuen Liga behaupten. Trotz eines guten Starts, einschließlich eines Sieges gegen den FC Wacker München, folgten eine Reihe von Niederlagen, die die Mannschaft in den Tabellenkeller brachten.
Am Ende der Saison stand der TSV Göggingen auf dem vorletzten Platz, was ein Entscheidungsspiel gegen den FC Haidhof erforderlich machte. Dieses Spiel, das am 15. Juni 1947 stattfand, endete mit einer knappen 1:2-Niederlage für Göggingen, was den Abstieg in die schwäbische Kreisliga bedeutete. Dieser Rückschlag war besonders bitter, da die Mannschaft in den Jahren zuvor hart für den Aufstieg gekämpft hatte.
In der Saison 1947/48 versuchte der TSV Göggingen, sich neu zu formieren. Unter dem neuen Trainer Heinz Rühl musste das Team zahlreiche Veränderungen durchlaufen. Trotz eines guten Starts in die neue Saison und einigen erfolgreichen Freundschaftsspielen, wie dem Sieg gegen den Landesligisten TSG Augsburg, konnte die Mannschaft nicht die erhofften Ergebnisse in den Verbandsrunden erzielen. In der Kreisliga belegten sie am Ende der Saison den neunten Platz, was den Klassenerhalt sicherte, aber keine herausragenden Ergebnisse brachte.
Die Jahre nach dem Krieg waren von kontinuierlichen Anstrengungen und Herausforderungen geprägt. Der TSV Göggingen kämpfte darum, sich in der Liga zu etablieren, und trotz der Schwierigkeiten blieben die Spieler und Funktionäre dem Verein treu, während sie weiterhin versuchten, ihre Ziele zu erreichen und den Gögginger Fußball wieder zu alter Stärke zu führen.